La storia dell'origine di Pisa è poco nota.

Molti pensano che abbia avuto origine da parte degli Etruschi, altri dai Greci ed altri ancora dai Liguri.
Sembra che Pisa sia più antica di Roma e addirittura la più antica delle città marittime d'Italia e d'Europa. Il suo nome è antichissimo e sembra che derivi da una parola greca il cui significato era "prateria" o "delta". Sorse infatti sul delta di due corsi d'acqua che, pur avendo subito modifiche al loro corso, corrispondono agli attuali fiumi Serchio ed Arno, in una vasta pianura in gran parte paludosa che la isolava e la proteggeva.
In qualsiasi epoca Pisa ha rivestito un'importanza notevole ed ha avuto un ruolo importante nello svolgersi degli eventi storici. Essa ebbe sempre una storia condizionata dalle vie d'acqua: infatti si sviluppò con i commerci sfruttando le vie fluviali e marittime.
Per difendere la propria libertà i suoi abitanti, oltre che abili marinai, furono anche ottimi soldati.
Pisa etrusca commerciava attivamente e le sue navi solcavano i mari sempre cariche di legnami, pietre, granaglie, biade ed altre ricchezze che essa ricavava dalle sue ricche colline.
Proprio al periodo Etrusco risale l'origine del porto pisano. In epoca romana Pisa accettò di essere governata da Roma, la quale garantiva sicurezza e le permise di divenire uno dei centri più importanti della repubblica, tanto che si arricchì di templi, palazzi, terme e strade.
Durante le lotte tra Roma e Cartagine Pisa fu il porto principale di Roma e contribuì notevolemente al trionfo dei Romani ed ebbe da questi riconoscenze ed onori.
Roma inoltre fece costruire a Pisa anche numerosi cantieri navali tanto che la flotta romana usciva quasi tutta dai cantieri pisani.

Dopo la distruzione di Cartagine i Pisani si ribellarono a Roma per essere considerati ancora sudditi ed ottennero la cittadinanza romana.
Pisa successivamente fu dichiarata colonia militare prendendo il nome di Colonia Giulia Ossequiosa perchè era stata tenuta in grande considerazione dalla famiglia Giulia. Il padre di Giulio Cesare si era stabilito a Pisa e vi morì addirittura lo stesso giorno che a Roma veniva pugnalato il figlio.
Pisa si mantenne fedele alla famiglia Giulia anche sotto l'Imperatore Augusto e sotto il suo impero raggiunse un'enorme potenza . I Pisani solcavano il mare in lungo e in largo e risalivano anche il Rodano spingendosi fino all'Oceano Atlantico lungo le coste dell'Africa verso sud e fino alle coste britanniche verso nord.
La potenza marinara di Pisa decrebbe però con la fine dell'Impero di Augusto e riuscì a riprendere importanza solo con il regno di Traiano.
Il porto pisano dell'epoca romana si estendeva dal luogo di San Piero a Grado (detto Torretta alla foce del Calambrone) ad altro luogo detto S. Stefano ai Lupi presso Lívorno, in una zona che oggi si chiama Paludetta e consisteva in una larga insenatura poco profonda che venne fortificata prendendo il nome di Triturrita.
Questo luogo dopo la caduta di Pisa andò piano piano interrandosi non lasciando più traccia di sé.
 

Nel V secolo d.C. i barbari scesero in Italia e seminarono distruzione e rovine; anche Pisa seguì la stessa sorte e solo con l'ascesa al potere di Teodorico , re degli Ostrogoti, essa potè risollevarsi e ritrovare l'antico splendore.
Un nuovo pericolo minacciava i paesi cristiani; le flotte islamiche viaggiavano sulle coste mediterranee devastando e saccheggiando.
La decadenza dell'impero di Carlo Magno e le lotte fra città rivali favorirono gli attacchi corsari; Pisa, rispondendo al suo spirito combattivo cercò di salvaguardare i propri diritti e di tener testa agli assalti nemici dapprima con interventi modesti ed in seguito sempre più audaci.
Nell'anno 828 il Marchese Bonifacio allestì una piccola flotta e fece la sua prima mossa. Partendo dal porto pisano sbarcò tra Ustica e Cartagine in Africa e durante un aspro combattimento tenne testa ai Saraceni .
Verso il 1000 i Saraceni, guidati da re Musetto si stabilirono nella Corsica e nella Sardegna e successivamente invasero il territorio romano. Il Papa fu costretto a fuggire ma i Pisani andarono in suo aiuto: l'ammiraglio Orlandi con una flotta di navi scelte sbarcò a Civitavecchia vincendo e catturando 18 navi nemiche e molti prigionieri riuscendo anche a riconquistare la Sardegna.
Altre imprese vittoriose seguirono e portarono i Pisani alla conquista di Reggio, Amaltea, Tropea e Nicotera ma nel frattempo il feroce avversario di Pisa, Musetto, invase la città che fu difesa dal popolo pisano richiamato a raccolta da Chinzica dei Sismondi.
Successivamente il Saraceno si impossessò di nuovo della Sardegna.
 

Pisa e Genova dovettero lottare per liberare di nuovo la Sardegna ; nacque cosí il dissidio fra le due città marinare a causa della spartizione dell'isola.
Nel 1050 Musetto riconquistò la Sardegna e si incoronò re; Papa Leone IX chiese di nuovo l'aiuto dei Pisani che fecero rotta verso l'isola ma i venti li spinsero verso la Corsica; i Pisani furono accolti bene e vi impiantarono le insegne del proprio dominio mentre Musetto si diede alla fuga e lasciò di nuovo la Sardegna ai Pisani nel 1052.
Nel 1063 i Pisani conquistarono Palermo sotto il comando del Conte Giovanni Orlandi e ciò procurò loro molte ricchezze.
Nel 1066 ebbe inizio la guerra marinara fra Genova e Pisa. I Genovesi offesi per le troppe conquiste pisane in Corsica e in Sardegna incominciarono a dare guerra ai navigli pisani. Poichè bande corsare scorazzavano sempre lungo le coste tirreniche, il Papa Vittore III invitò le due Repubbliche marinare a combattere insieme contro questi nemici.
Le due città si unirono e vinsero definitivamente i nemici.
Nell'anno 1089 Papa Urbano II concesse ai Pisani ed al loro Vescovo l'isola della Corsica ed innalzò il Vescovado di Pisa ad Arcivescovado.
Nel 1099 i Pisani parteciparono largamente alla Guerra Santa compiendo notevoli atti di valore.
Altre conquiste sia pisane che genovesi seguirono e le due città acquistarono sempre più potenza e ricchezza.
Furono così riconquistate le coste della Siria e le isole Baleari.

Nel 1135 Pisa si impadronì di Amalfi mentre con i Genovesi strinse una lega che durò 19 anni e che sancì la pace fra le due Repubbliche.
Nel 1161 l'imperatore Federico Barbarossa discese in Italia e distrusse ogni città che si ribellava. Riconobbe però la potenza marinara di Pisa con la quale si alleò

Le lotte tra Pisa e Genova si riaccesero e Federico Barbarossa pensò di dividere la Sardegna fra le due città ma ciò fu causa di lotte più tremende negli anni successivi.
Nel 1217 Papa Onorio III riuscì a convincere le Repubbliche marinare di Venezia, Genova e Pisa a mantenere la pace fra loro per contribuire alla Guerra Santa.
In questo periodo le città italiane si divisero in Gulefi e Ghibellini: Guelfi erano coloro che parteggiavano per il Papa, Ghibellini quelli che parteggiavano per il re.
Pisa fu Ghibellina, Genova fu Guelfa.
Il Papa riuscì ad avere dalla sua parte le città sarde e ciò provocò furiose battaglie tra Pisani e Genovesi.
Il Pontefice scomunicò i Pisani, tolse loro il dominio della Sardegna e li privò della loro dignità arcivescovile.
Le lotte tra Guelfi e Ghibellini durarono vari anni e anche le lotte tra Genova e Pisa si fecero sempre più cruente fino ad arrivare alla famosa battaglia della Meloria del 6 agosto 1284 alla quale i Pisani e i Genovesi si erano preparati con cura.
La flotta pisana era comandata dal Morosini aiutato dal Conte Ugolino e dal Saracino mentre la flotta genovese era comandata da Umberto Doria. I Pisani furono sconfitti tremendamente ed ebbero 28 galee catturate, 7 calate a fondo, 5000 morti e 110000 prigionieri.
Anche Genova vittoriosa riportò danni e perdite ingenti. Le città guelfe toscane si unirono poi per distruggere definitivamente la città ghibellina Pisa.
Il Conte Ugolino nominato dittatore di Pisa fece un patto con i fiorentini cedendo loro alcuni territori.
I Pisani irati con il Conte Ugolino lo fecero rinchiudere con i figli e i nipoti nella torre Gualandi dove lo fecero morire di fame.
La sconfitta della Meloria chiuse il ciclo delle glorie marinare di Pisa e ne segnò la fine anche dal punto di vista commerciale.
Nel 1300 Pisa fu costretta a cedere ai Genovesi anche la Corsica per avere la pace.
Nei secoli successivi Pisa ebbe momenti di trascuratezza e di lotte continue che diminuirono sempre più la sua autonomia. Essa fu completamente assoggettata a Firenze. Durante il Rinascimento Pisa per importanza veniva dopo Firenze ma la famiglia Medici la curò e l'arricchì.

Alessandro de' Medici nell'anno 1545 per regolare le acque della pianura pisana creò l'ufficio fiumi e fossi.
Cosimo I de'Medici nel 1562 fondò l'Ordine Sacro e militare dei Cavalieri di S. Stefano. Si aprì un nuovo periodo storico per Pisa d'importanza religiosa ed economica.
Pisa fu scelta come residenza dei Cavalieri di Santo Stefano perchè era più vicina al mare ed a Livorno.
La flotta stefaniana si impose al rispetto delle grandi potenze europee, anzi la stessa Spagna, oltre alla flotta di Malta, chiese il rinforzo dei Cavalieri di Santo Stefano e navigò di conserva con questi per le imprese guerresche più difficili.
Nella famosa battaglia di Lepanto alle forze stefaniane fu assegnato il posto d'onore.
In altre azioni navali furono poi conquistate Tunisi e Biserta e la flotta ritornò in patria carica di gloria e di prede. Su tutti eccelse per abilità l'Ammiraglio Iacopo Inghirami le cui gesta furono famose in tutto il mondo.
In Toscana poi alla famiglia Medici succedette la famiglia Lorena. La milizia stefaniana prese un altro indirizzo: essa infatti divenne più austriaca che toscana perchè si modellò sul tipo tedesco.
Sotto la famiglia Medici Pisa vide arricchirsi di numerose opere pubbliche: di impianti di acquedotti, del Canale dei Navicelli (che unisce Pisa a Livorno con una linea fluviale e che favorì le industrie ed i commerci delle due città vicine), il restauro del Duomo in parte rovinato dall'incendio del 1600; abbellimenti di edifici e protezione del commercio locale e delle industrie che si avviarono ad un nuovo rifiorire.
Pisa stava riprendendo respiro anche se era radicalmente mutata la sua configurazione geografica giacchè il porto pisano si era interrato e veniva abbandonato definitivamente mentre poco lontano sorgeva Livorno dove il commercio si andava concentrando.
In tali condizioni di vita la città si protrasse nei secoli XVII e XVIII seguendo le comuni vicende del Gran Ducato de' Medici. Questi spesso vi soggiornavano partecipando alle pubbliche feste che saltuariamente venivano indette nella città.
Allo scoppiare della I-a Guerra d'Indipendenza (1848) dall'Università pisana mosse un battaglione universitario nel quale studenti e professori si fecero soldati e valorosamente combatterono a Curtatone e Montanara.
Nel 1859 si compì la pacifica rivoluzione toscana e nel marzo del 1860 Pisa con un plebiscito acconsenti all'unione con il regno di Vittorio Emanuele.
Essa è oggi capoluogo di provincia, una delle più vaste della Toscana e della Repubblica Italiana.